Se realiza introduciendo el endoscopio (ureteroscopio o ureteronefroscopio) que es un tubo de fibra óptica con punta rígida o flexible el cual está conectado a una cámara. Una vez que se ha llega a visualizar el cálculo, estos se comienzan a fragmentar mediante la pulsación del láser.

La fragmentación se puede controlar bajo visión hasta asegurarse que el cálculo se ha destruido por completo. Algunos fragmentos pueden ser extraídos a través del mismo endoscopio utilizando instrumentos finos de agarre y tracción para los fragmentos.